آزمایش ژنتیک دارای محدودیت‌ها و پیامدهای عاطفی است. اینها ممکن است شامل موارد زیر باشد:

افسردگی، اضطراب یا احساس گناه. نتیجه مثبت آزمایش، به معنای وجود جهش ژنی است. این نتیجه ممکن است احساسات دشواری را به همراه داشته باشد. برخی افراد ممکن است خود را بیمار تصور کنند، حتی اگر هرگز به سرطان مبتلا نشوند. نتایج منفی آزمایش نیز ممکن است باعث ایجاد احساساتی شود. به‌عنوان‌ مثال، برخی از افراد اگر برخلاف دیگر اعضای خانواده، جهش ژنی نداشته باشند، ممکن است احساس گناه کنند.

تنش در خانواده. عموماً افراد تشویق می‌شوند که نتایج آزمایش را به اعضای خانواده اطلاع دهند زیرا می‌توانند بر سلامت دیگر اعضای خانواده نیز، تأثیر بگذارد. اما این اطلاعات، همچنین می‌تواند پویایی و روابط خانواده را، پیچیده کند. درباره به اشتراک‌گذاری نتایج آزمایش ژنتیک با خانواده خود بیشتر بیاموزید.

احساس امنیت کاذب. نتیجه منفی به این معنی است که جهش ژنتیکی خاصی وجود ندارد. اما افرادی که نتایج منفی دارند ممکن است همچنان به سرطان مبتلا شوند. نتیجه منفی فقط به این معنی است که ریسک فرد برای سرطان، متوسط است. خطر ابتلا به سرطان در هر فرد، تحت‌تأثیر عوامل دیگری نیز قرار دارد. به‌عنوان‌ مثال، سبک زندگی، قرارگرفتن در معرض عوامل خطر محیطی، و سابقه پزشکی.

نتایج نامشخص یک ژن. ممکن است دارای جهشی باشد که با خطر سرطان مرتبط نیست. این یک نوع با جهش ناشناخته، نامیده می‌شود. این بدان معنی است که مشخص نیست که آیا جهش، خطر را افزایش می‌دهد یا خیر. البته ممکن است افراد دارای جهش‌هایی باشند که آزمایش‌های فعلی نمی‌توانند آنها را پیدا کنند. بسیاری از سرطان‌ها هنوز به جهش‌های ژنی خاص مرتبط نیستند. همچنین، برخی از ژن‌ها ممکن است به طور غیرقابل‌پیش‌بینی با ژن‌های دیگر یا عوامل محیطی تعامل داشته و این فعل‌وانفعالات ممکن است باعث سرطان شود؛ بنابراین ممکن است در این حالت، محاسبه خطر ابتلا به سرطان، غیرممکن باشد.

هزینه بالا. اگر بیمه هزینه آزمایش ژنتیک را پرداخت نکند، این آزمایش می‌تواند گران باشد.

تبعیض و نگرانی‌های حفظ حریم خصوصی. برخی افراد از تبعیض ژنتیکی ناشی از نتایج آزمایش، می‌ترسند. برخی دیگر نگران حریم خصوصی اطلاعات ژنتیکی خود هستند. قانون عدم تبعیض اطلاعات ژنتیکی (GINA) از تبعیض شغلی و بیمه سلامت محافظت می‌کند. در مورد نگرانی‌های مرتبط با یک مشاور ژنتیک یا پزشک صحبت کنید.